Osnivačka skupština Udruge održana je 13. veljače 2006. u Zagrebu s 9 sudionika. Nakon donošenja Statuta izabrana su tijela Udruge i za predsjednika je izabran Milan Polić, a u Upravni odbor ušli su još Vesna Mihoković Puhovski kao dopredsjednik, Lino Veljak kao tajnik, te članovi Šime Lučin i Dafinka Večerina.

Nakon registracije u Udrugu se za kratko vrijeme učlanilo dvadesetak osoba, poznatih javnih djelatnika, među kojima saborskih zastupnika, novinara, nakladnika, profesora itd.

Udruga Protagora svojim je djelovanjem usmjerena na očuvanje i unapređivanje građanske ravnopravnosti, posebno glede mogućnosti diskriminacije po religioznoj osnovi i u svom djelovanju ni na koji se način neposredno ne bavi bogovima ni Bogom, već religijom kao svjetovnom pojavom. Međutim, zbog pogrešnih i često zlonamjernih tumačenja da okupljanje na ireligioznoj osnovi nije moguće drukčije nego kao sektaštvo na osnovi neke "ateističke religioznosti", potrebno je pojasniti neke pojmove.

U svakodnevnoj razgovornoj, a često i stručnoj uporabi ateizam (grč. a = ne + theós = bog; bezboštvo; ravnodušnost glede božje opstojnosti; poimanje svijeta izvan odnosa spram boga) se najčešće pogrešno izjednačuje s antiteizmom (grč. anti = protu + theós = bog; protuboštvo; poricanje boga; poricanje mogućnosti božje opstojnosti) i određuje kao: nijekanje postojanja boga, poricanje božje opstojnosti. No, takvo nekritičko izjednačavanje ateizma i antiteizma izraz je misaone isključivosti koja svijet razumije samo u alternativi “ili za ili protiv”, bez mogućnosti za nešto treće.

Slikoviti primjer te misaone i jezične isključivosti su riječi “prijatelj” i “neprijatelj”. Između ili izvan njihova značenja - za primitivnu rodovsku svijest nekada, a za homogeniziranu kolektivističku svijest danas - nikakvo drukčije značenje u ravnini međuljudskih odnosa nije moguće, jer onaj tko nije prijatelj taj je neprijatelj (protivnik, zločinitelj) i obratno, pa stoga i ne postoji riječ koja bi označavala onoga tko nije prijatelj, ali ni neprijatelj (protivnik, zločinitelj). Međutim, već i obično iskustvo življenja u demokratskom društvu ukazuje na to da onaj tko nije prijatelj ne mora nužno biti neprijatelj (protivnik, zločinitelj), pa stoga ne-prijatelj i neprijatelj (protivnik, zločinitelj) nisu isto. Danas to ne razlikuju tek tvrdokorni kolektivisti, koji nerazvijenost vlastite osobnosti nadoknađuju poistovjećivanjem s određenom skupinom, pa onda i odnose među ljudima ne mogu razumjeti drukčije nego na način “mi - oni”.

Biti dakle bez boga, biti bezbožnik, ateist, biti prema eventualnom božjem postojanju ravnodušan ili čak o bogu ništa ne znati, ne znači već samim tim biti i protiv boga, dakle antiteist - osim za onoga tko sve ljude koji ne misle slično njemu doživljava kao svoje protivnike. Ateist dakle ne vjeruje u božju opstojnost, ali i ne dokazuje njezinu nemogućnost, već jedino ne pristaje da kao istinitu prihvati nedokazanu tvrdnju. Budući da ateistu bog nije potreban, niti je za dokazivanje božje opstojnosti zainteresiran, to će on dokazivanje božje opstojnosti prepustiti onima kojima je do toga stalo, zadržavajući za sebe pravo da ne vjeruje u ono što nije na provjerljiv način dokazano i što ne može biti posredovano kao znanje. Naime, kako se nepostojanje bilo čega, za sada, ne može na konačan način dokazati, to je razumno ne prihvaćati kao postojeće ono o čemu nema provjerljivih dokaza, jer bi u protivnom kao postojeće moralo biti prihvaćeno sve što bi tko kao takvo ustvrdio.

Kako dakle o bogu ne postoji nikakvo znanstveno, odnosno općeprovjerljivo znanje, nego tek religiozno vjerovanje, to je stvar osobnog vrijednosnog opredjeljenja htjeti dokazati da bog postoji, ili živjeti u skladu sa zahtjevima određene religije. Teizam, naime, bez određenog religijskog izraza ne da nema mnogo, pa ni malo, nego uopće nema praktičkog smisla, jer vjerovati da bog postoji, da postoji transcendentno biće koje je stvorilo svijet, a ne znati ništa o njemu, o njegovim nakanama i njegovoj volji, o tome što ono od čovjeka očekuje, za osobno je djelovanje potpuno bezvrijedno. Vjerovanje u božju opstojnost, bez određenog religijskog izraza, po praktičkim konzekvencijama jednako je ateizmu. Stoga tek u konkretnom religijskom uobličenju navodne božje objave, postojanje boga dobiva svoj praktički smisao, jer od još neodređenog odnosa prema transcendentnom biću prerasta u sasvim određeni odnos prema svijetu. Time se i naglasak s pitanja o božjoj opstojnosti pomiče na pitanje autentičnosti onoga što se nudi kao božja objava. Problem je, naime, u tome što tu autentičnost nije moguće na znanstveni ili neki drugi općeprovjerljivi način dokazati, pa svatko može uzeti za pravo da vlastito religiozno svjetopoimanje ponudi kao jedino istinito, što se povijesno dogodilo ne jedanput, a često uz tragične posljedice.

Hoće li odnos ateista prema religiji općenito ili raznim vjeroispovijedima obilježavati ireligioznost (lat. in, i = bez, ne + religio = sveza, prisega, pobožnost) ili kontrareligioznost (lat. contra = protiv, nasuprot + religio), ovisi o svjetopoimanju konkretnog ateista, s jedne strane, a o praktičkom nastupu određene vjeroispovijedi, s druge strane. Pitanje snošljivosti nije samo pitanje odnosa ateista prema religiji. To je pitanje odnosa svih onih koji misle i djeluju različito. Bili oni ateisti ili religiozni. Način na koji ljudi djeluju ne ovisi o njihovu vjerovanju ili nevjerovanju u postojanje boga, već o tome za koje su se životne vrijednosti opredijelili i kako ih nastoje ostvariti. Određeni dogmatizam svojstven religioznom odnosu prema svijetu svakako može utjecati na razinu snošljivosti prema onima koji svijet poimaju drukčije, ali ni ateizam nije a priori oslobođen dogmatizma. Naprotiv. Budući da ateizam nije jedinstven nauk, nego tek opća oznaka opredjeljenja glede jedne pretpostavke, to ne postoji jedinstven ili bar približno sličan odnos ateista prema religiji, kao uostalom ni prema bilo kojem svjetopoimanju i njegovom praktičkom izrazu. Osim toga deizam i panteizam također su određeni oblici prikrivenog ateizma.

Ako su dakle jedni ateisti ireligiozni, a drugi u određenoj mjeri kontrareligiozni, onda je to prije svega izraz onog njihovog vrijednosnog opredjeljenja koje određuje razinu njihove snošljivosti ili prihvaćanja različitog. No, to jednako vrijedi i za vjernike, kako u odnosu prema vjeroispovijedima drugih tako i prema ateizmu. Gorljivost i borbenost u promicanju vlastitog svjetopoimanja moguća je, i historijski dokazana, kako na religioznoj tako i na ateističkoj osnovi. U svakom slučaju pogrešno bi bilo izjednačiti kontrareligioznost i antiteizam, jer i najgorljivija kontrareligioznost ne mora sadržavati ni traga antiteizma. Kontrareligioznost nije naime nužno usmjerena na poricanje opstojnosti boga, nego na poricanje vrijednosti religije kao društvene i svjetovne pojave.

Posebno mjesto između teista i ateista svakako imaju antiteisti. Ono što je naime antiteistima zajedničko s ateistima neprihvaćanje je tvrdnje o postojanju boga. Ono pak što je antiteistima zajedničko s teistima jest vjera. Naime, dok ateisti ne prihvaćaju tvrdnju da bog postoji, jer nije dokazana (zbog čega ih se iz religiozno sužene perspektive često pogrešno izjednačava s agnosticima, što oni, ali samo u odnosu na boga, jesu), dotle je antiteisti ne prihvaćaju jer proturječi tvrdnji u koju oni čvrsto vjeruju, tj. da boga nema. Stoga antiteisti nisu, za razliku od ateista, ravnodušni prema božjoj opstojnosti, već ju ne samo neprestano misaono, nego i djelatno, u svakoj prilici poriču. Na taj način antiteisti su u stalnom, iako negativnom odnosu, prema bogu koji samim tim bitno određuje cjelokupni njihov život. U odnosu na religiju oni nužno zauzimaju kontrareligiozan stav koji je, međutim, u osnovi i sam izraz jedne, u odnosu na boga, “mrzovoljne” religioznosti, kojom se antiteisti nekritički vežu za neke svjetovne autoritete. Po svom duhovnom sklopu antiteisti su slični borbenim vjernicima, što oni u biti i jesu, dok su ateistima slični samo svojim konačnim stavom o (ne)postojanju boga. Stoga samo onaj tko nekritički uzima u obzir jedino taj konačni stav o (ne)postojanju boga, može izjednačiti ateiste i antiteiste.

Nerazumijevanju ove razlike svakako je posebno pridonijelo širenje marksizma, koji je odmah bio obilježen i kao ateizam. Nekritičkim marksistima (kakvih je bilo najviše), ali i njihovim religioznim protivnicima, odgovaralo je, naime, da se ta razlika ne vidi. I to nekritičkim marksistima zato što su tako lakše zaposjedali sav teorijski prostor Marxova nauka, a njihovim religioznim protivnicima zato što im je neusporedivo lakše bilo napadati antiteizam, nego ateizam. Ateizam im se opet opravdano činio za njihovo religiozno stajalište opasnijim, jer u osnovi ne pristaje na religiozan pristup (kakav je u antiteizmu naprotiv prisutan). U tom smislu primjetan je i pomak teološke kritike ateizma prema egzistencijalizmu.

Neki kritički usmjereni marksisti uočili su npr. tu razliku, ali umjesto da je odgovarajuće jezično izraze oni su, prihvaćajući Marxov jezični izraz, pristali na to da se značenje antiteizma i dalje podmeće ateizmu, a da nasuprot tome govore o njegovom praktičkom i povijesnom prevladavanju.

Jedno od bitnih pitanja koje se od strane vjernika uvijek iznova postavlja ireligioznima (ateistima) jest: kako se može živjeti bez vjere?

Tako postavljeno pitanje izraz je međutim religiozne predrasude da je vjera moguća samo u okviru religije iako je, baš naprotiv, religiozna vjera tek jedan od oblika vjere.